Die Gründung der Kirchengemeinde fand am 1. 1. 2006 statt, als sich die ehemaligen Kirchen- und Patronatsgemeinden des Klosters, Negenborn und Golmbach mit den Kapellengemeiden Lütgenade und Reileifzen zur Kirchengemeinde Amelungsborn vereinigten. Über die vorgegebene historische und gottesdienstliche Verbindung mit dem Kloster ist die Kirchengemeinde bestrebt, die geistlichen Impulse des Mönchtums, Bernhards von Clairvaux und die Spiritualität des Klosters in der Gemeinde zu vermitteln und fruchtbar werden zu lassen. Zu diesem Zweck wurde 2008 der Gemeindekreis "Via Benedikta" gegründet.

Geschichtliches zum Gemeindeteil Negenborn:
Negenborn und Holenberg waren die dem Kloster Amelungsborn verbundenen Klosterdörfer. In der katholischen Zeit hatte der Diakonus des Klosters Amelungsborn das Amt des Geistlichen für diese Dörfer zu verwalten. Schon 1542 wurde durch Beauftragte des Schmakaldischen Bundes ein Klosterprediger eingesetzt, der somit als erster lutherischer Geistlicher für Negenborn und Holenberg gilt: Heinrich Hartmann, zuvor Kellermeister von Amelungsborn. Mit der endgültigen Einführung der Reformation im Kloster Amelungsborn im Jahre 1568 wurden Negenborn und Holenberg nach Amelungsborn eingepfarrt; zuständig für sie wurde der Klosterprediger des Klosters. 1583 wurde die Pfarre Negenborn errichtet und das erste, jetzt nicht mehr vorhandene, Pfarrhaus gebaut. Die Pfarrkirche für Negenborn und Holenberg war zu allen Zeiten die Klosterkirche Amelungsborn. Es hat deshalb auch an beiden Orten nie eine Kirche gegeben. Infolge der Wirren des 30-jährigen Krieges war die Pfarre von 1622–1637 unbesetzt.
In Rückbesinnung auf altkirchliche und lutherische Traditionen wurde ab Ostern 1970 die Osternacht in weißen Gewändern wieder eingeführt, ab Mai 1973 die regelmäßigen Feier des Heiligen Abendmahls im sonntäglichen Hauptgottesdienst, ab Mai 1974 weiße Gottesdienstgewänder bei Hauptgottesdiensten und Amtshandlungen für die am liturgischen Dienst Beteiligten.
Die Pfarrer der Kirchengemeinde Negenborn nach dem 2. Weltkrieg waren: Leon-hardt (1939–48) — Scheer (1949–58) — Berkhan (1958–61) — Kühl (1963–68) — Zierenberg (1969-98); ab 1998 wurde der Golmbacher Pfarrer Bartram mit der Ver-sehung der Pfarrstelle beauftragt, der ab 2006 Pfarrer der vereinigten Kirchengemeinde Amelungsborn wurde.

Geschichtliches zum Gemeindeteil Golmbach:
Wie alle Kirchen in diesem Bereich gehörte Golmbach ursprünglich zum Archidiakonatsbereich Höxter des Bistums Paderborn. In den Corveyer Überlieferungen erstmals 988 erwähnt, gerät Golmbach ab 1100 unter den Einfuß der Eversteiner Grafen, die 1260 das Zehntrecht in Golmbach den Mönchen von Amelungsborn verkauften. Mit der Einführung der lutherischen Reformation in Amelungsborn wurden auch die Patronatsdörfer des Klosters lutherisch. Die Pfarrer der Kirchengemeinde Golmbach nach dem 2. Weltkrieg waren: Taesler (1932-1949) — Heymann (1950-1953) — Walter (1953-1958) — Drewes (Familiare des Klosters) (1959-91) — Schlüter (1992-98) — Bartram (1998-2010; ab 2006 Pfarrer der vereinigten Kirchengemeinde Amelungsborn) — Stanke (2011-2016) — Radow (Vakanzvertreter 2016-2017).